磷酸鹽是磷酸的鹽，在無機化學，生物化學及生物地址化學上是很重要的物質。磷酸鹽是蛋白質配方中常見的緩沖劑之一，特別是含水蛋白質藥物，有效pH值范圍為5.8-8.0，并且具有生物相容性。然而，正如“冷凍過程中的pH變化”所討論的那樣，磷酸鹽緩沖液，特別是磷酸氫二鈉，在冷凍過程中會發生顯著的pH變化，因此不推薦用于pH敏感蛋白質。相反，磷酸鉀，組氨酸，三羥甲基氨基甲烷(Tris)和檸檬酸鹽緩沖液在冷凍期間顯示出小的pH變化。此外，低緩沖液濃度可有助于降低pH變化。然而，選擇適當的冷凍干燥水性制劑，包括緩沖劑，取決于蛋白質的要求及其給藥途徑。蛋白在凍干過程中存在許多應力，包括低溫應力、凍結應力(枝狀冰晶的形成、離子強度的增加、pH值的改變、相分離等)、干燥應力(失去蛋白質表面水分子)等，這些應力常常直接或間接導致蛋白質類藥物失去天然構象從而變性或失活。所以即使采用了冷凍干燥這種溫和的干燥方式，還需要加入合適的凍干保護劑。可選用的凍干保護劑：D-乳糖、D-甘露醇、白蛋白、葡聚糖、聚乙二醇、β-環糊精、γ-環糊精、α-環糊精、吐溫80、甘油、二甲亞砜、乙二醇二乙酸酯、聚乙烯吡咯烷酮、D-(+)-海藻糖。